Đôn là thành viên của sĩ tộc Lang Gia Vương thị. Ông nội là Vương Lãm, em trai khác mẹ của Thái bảo Vương Tường nhà Tây Tấn – một trong Nhị thập tứ hiếu. Lãm được phong tước Tức Khâu tử, làm đến Quang lộc đại phu.

Bác cả là Vương Tài, được kế tự Vương Lãm, sanh ra Vương Đạo, về sau là Tư đồ nhà Đông Tấn. Cha là Vương Cơ, con trai thứ hai của Vương Lãm, được làm đến Trị thư thị ngự sử.

Đôn là con trai thứ hai của Vương Cơ, có anh trai là Vương Hàm, tự Xử Hoằng. Đôn lớn hơn Vương Đạo đến 10 tuổi, nên ông là anh họ của ông ta (tòng phụ huynh).